この制度は、平成15年度より高度の医療を提供する病院（大学病院本院）に国立病院２病院を加えた特定機能病院等の一般病棟が対象として開始されました。その後、厚生労働省のDPC／PDPSに関する調査に２年以上協力してきた医療機関のうち一定の基準を満たした病院が、DPC対象病院として、この制度の適用が認められます。

従来この包括支払い制度は「DPC」と呼ばれ、本来の診断群分類の意味からその支払方式までを含む言葉として使われてきました。しかし、本来「DPC」とは「Diagnosis Procedure Combination」の意味であり、診断群分類を意味します。したがって、「診断群分類に基づく支払い方式」とは意味が異なります。これらの混同を防ぐため、平成22年12月16日のDPC評価分科会において、支払い制度としてのDPC制度の略称について「DPC／PDPS（Diagnosis Procedure Combination／Per-Diem Payment System）」と命名され現在使用されています。

• DPC（Diagnosis Procedure Combination） → 「診断群分類」
• PDPS（Per-Diem Payment System） → 「１日当たり包括支払い制度」

診断群分類は、WHO（世界保健機関）が定めた国際疾病分類（ICD：International Classification of Disease）ICD-10（疾病及び関連保健問題の国際統計分類第10回修正）に基づき、18の主要診断群分類に分けられており、この18分類に属する約500種類の基礎疾患を、重症度、年齢、手術・処置の有無、定義副傷病名などで分類した約2,300種類の診断群のことを言います。
診断群分類には分類区分に応じて3段階の入院期間が設けられ、それそれに包括点数（1日当たりの点数）が定められています。

DPC／PDPSでは、診断群分類区分に応じて1日当たりの定額の点数（包括点数）が定められています。診断群分類は、主治医が入院中で「医療資源を最も投入した傷病」により決定します。その傷病に基づいた診断群分類を1つだけ選択し、診断群分類に定められた包括点数を基本に1日当たりの医療費を計算します。また、一部の検査、処置、手術、麻酔、放射線治療等について、従来と同様に「出来高支払い方式」で計算されます。

医療資源を最も投入した傷病は、入院全期間を通じて人的・物的医療資源を最も投入した傷病のことを言います。
一入院期間中に複数の傷病に対する治療を行った場合でも、入院全期間を通じて人的・物的医療資源を最も投入した傷病は1つに限定されます。